主題

培訓(xùn)內(nèi)容

GROMACS基礎(chǔ)

1. 1 分子模擬入門(mén)理論——對(duì)分子動(dòng)力學(xué)模擬原理游刃有余

2. 1.1 基本假設(shè)

3. 1.2 主要算法介紹：最速下降法、共軛梯度法

4. 1.3 積分步長(zhǎng)的選取

5. 1.4 溫度和壓力控制

6. 1.5 周期性邊界條件

7. 1.6 分子動(dòng)力學(xué)模擬流程

GROMACS入門(mén)操作

1. 2 GROMACS入門(mén)操作基礎(chǔ)

2. 2.1 Linux命令入門(mén)基礎(chǔ)——熟練掌握GROMACS所用的Linux命令

3. 2.2 GROMACS的win版linux版編譯安裝——學(xué)會(huì)編譯方法，針對(duì)自己體系編譯軟件

4. 2.3 GROMACS涉及的各種輸入輸出文件參數(shù)介紹

5. 2.4 GROMACS力場(chǎng)介紹——深度探究力場(chǎng)具體形式，為以后創(chuàng)建自己體系做準(zhǔn)備OPLS為例，力場(chǎng)的各種參數(shù)說(shuō)明

6. 3 GROMACS建模——掌握基本操作流程——使學(xué)員具有扎實(shí)的技術(shù)基礎(chǔ)

7. 3.1 Packmol，GaussView，vmd等建模軟件的使用

8. 3.2 建立各種體系模型
混合模型、界面模型、球體模型等

9. 3.3 小分子各種力場(chǎng)TOP文件的建立，x2top, prodrg, ATB,itp, top的結(jié)構(gòu)以及參數(shù)說(shuō)明

10. 3.4 建立均相、多相體系

11. 3.5 如何修改力場(chǎng)參數(shù)